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常用的多肽激素标志物主要有hCG，LH，FSH和TSH等，这四种糖蛋白激素均由一个共同的。亚单位和一个特异的臼亚单位组成。LH和hCG的p亚单位非常相似，这给建立其特异的测定方法带来了麻烦。
杂交瘤技术带来的单克隆抗体使得hCG及其亚单位的特异测定成为可能，但仍存在很多问题，一个主要的问题是，是否所建立的方法既能测定hCG又能测定hCGp，或二者要用分别的方法测定。二者用分别的方法测定在理论上完全可以做到，但联合测定有实际上的优点。目前大多数hCG测定方法既测定hCG又测定hCGp，由于它们有可能使hCGp测定偏高而使其标准化较为复杂，如果该测定方法用来测定hCGp与hCG之比；就会有问题。在孕妇该比例小于3％，但样本在室温中贮存会因为肽链的蛋白水解作用（nicking，刻痕）使hCG解离成亚单位。
hCG和hCG臼的刻痕形式尤其是出现于癌症患者，但孕妇也有。由于二硫键的存在，刻痕形式的hCG的基本结构仍会保留，但对抗体的结合能力会有所降低。因此，HCG测定标准化的一个重要目的是确定hCG的分子形式和建立特异的测定方法，这就要求有不同形式的hCG纯化标准品和参考测定方法。目前使用的第三代hCG国际标准品（1S）是用生物试验校准的，单位（U）可溯源至第二和第一代IS。hCGa和hCGp标准品的浓度也以U表示，尽管其缺乏hCG活性，1U的hCGa和hCGp标准品相当于其各自lrtg的量，比较之下，1 U的hCG约为0．1lp．g。
hCG／hCGp在临床上有重要价值，该比率的计算应根据摩尔浓度。此外，hCG的hCGp亚单位的一个片段即所谓的核心片段（hCGpcf）常以较高浓度出现于孕妇尿中，在男性和非孕妇尿中的浓度则很低，但在各种癌症患者尿中常见升高。该片段可能来自于hCG和hCGp在肾小管中的降解，根据血清hCGp水平与尿中hCGBc{水平之间的相关性，癌症患者hCGpcf的增高可能是由于肿瘤组织表达hCGp所致。由于hCG臼cf可作为数种肿瘤的标志物，因此，其测定的标准化也是重要的。
由前所述，LH和hCG有高度的相似性，交叉反应难以完全避免。因为在男性和非孕妇hCG的浓度很低，因此LH与hCG之间存在的交叉反应对LH的临床实际测定影响不大，尽管如此，大多数试剂厂家仍致力于建立特异的LH测定方法。虽然在许多方法中hCG的交叉反应仅为0．01％～o．1％，但在临床上的应用仍受局限。很小的交叉反应也可能会引起混淆，因为hCG水平在1 000～10 000U／L的孕妇将有一个约为10的明显的LH水平。
hCG交叉反应的LH测定试验通常要使用两种单克隆抗体，既与LH亚单位反应也识别完整LH，因此，这些试验也测定游离的p亚单位及其片段，由于正常情况下血清中没有这些成分，故血清测定不会成为问题。使用单克隆抗体一个可能存在的问题是其不能测定蛋白抗原的遗传变异体，LH的一个遗传变异体表现出与单克隆抗体的免疫反应性明显降低，这是由于编码基因上的点突变导致出现了一个新的糖基化位点，于是增加的糖链封闭了相应的抗原决定簇。
临床上常要求TSH的测定试验有较好的测定下限，使得试剂厂家不断发展具有更低测定下限的试验，所谓的第二和第三代试验已取代了第一代放免试验，第二代试验的测定下限约为0．1～0．2U／L，第三代试验约为0．01～0．02U／L。第三代试验应能可靠地测定甲亢时出现的稍有异常的TSH浓度，从而使得TSH可作为甲状腺功能的第一线实验。TSH试验的标准化做得比较好，但在测定下限及低浓度测定的重复性上有时变异较大。而对于这种甲状腺功能的第一线实验，应使用临床样本来评价其真正的测定下限。
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