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肿瘤标志物较多，下面主要谈一谈AFP，PSA和CEA测定的标准化问题。AFP由于其具有相对的肝脏特异性，在临床上主要用于原发性肝癌的辅助诊断，此外还可用于妊娠中3个月胚胎21三体型（Down综合征）的母体筛检。在原发性肝癌的诊断中，虽不要求有非常准确的量，但表示异常的参考值的确定对该项测定的价值很重要。
不同厂家试剂、不同方法间的参考值有可能不一样，这就需要在建立方法时，用大量的实验及标准晶来证实。AFP用在Down综合征的筛检更需要AFP测定的标准化，因为筛检时，在妊娠的每一周，都要将AFP的浓度转换成一参考人群中值的倍数，因此，在测定校准上的小的差异都会对后面危险因子的计算有很大的影响，故每一个筛检实验室都必须分别建立其自己的参考值。AFP国际标准（1S）1U大约相当于1．2Pg。
PSA是一种分子量为30kD的丝氨酸蛋白酶，当其进入血液循环时即与蛋白酶抑制物形成复合物，血清中约50％～98％免疫反应性PSA以与。：—抗糜蛋白酶（ACT）结合的形式存在，其余大部分是游离，少部分与。：—抗胰蛋白酶结合，血清中还含有用通常的免疫测定方法测不出的PSA-。：—巨球蛋白（AMG）复合物。
目前已有的PSA测定方法对PSA-ACT的测定能力各有不同，在该复合物中有一些PSA的决定簇被ACT所覆盖，从而导致其与多克隆抗体的反应性降低。目前PSA的免疫测定几乎均使用依据两个单抗或一个单抗和一个多抗的双抗夹心模式，后者常造成PSA-ACT测定结果偏低，但使用某些单抗时亦如此，在某些测定方法中，通过将其与一个平衡测定两种成分的方法进行比对校准而对原方法的偏低结果进行补偿。PSA测定的另一个问题是校准品的基质，如果将纯化的PSA加入至血清中，将形成与ACT和AMG的复合物，但由于PSA试验不能测定PSA-AMG复合物，于是有大约30％～45％的PSA不能测出，因此，应使用血清作为PSA校准品的基质，这样才能反映PSA在血液中的真实情况。
一个国际合作研究研制了一个PSA参考标准，该标准品由10％游离PSA和90％PSA-ACT组成，使用该标准品校准的测定试验给出了相似的结果，尽管其并没有以等摩尔的方式测定每一种形式的PSA。使有这种标准品可迅速地改善不同测定试验之间结果的可比性。由于在前列腺癌患者中PSA-ACT所占总PSA的比例远高于良性前列腺疾病，因此，可通过分别测定PSA和PSA-ACT，然后计算其比例而提高PSA测定的诊断价值。
故而有必要对这两种形式的PSA分别制备标准品。临床上PSA的测定已越来越多地用于前列腺癌的筛查，在测定校准上的微小差异也会对筛检为阳性的男性的数量有较大影响，因此，PSA测定的标准化极为重要。
由于CEA有一族相关的抗原，因而其特异的测定较为麻烦。例如，正常交叉反应抗原NCA）由粒细胞产生，在血循环中以相当高的浓度出现。NCA-2是CEA的一个胚胎性（糖基化）变异体，此两种抗原均由成人和胚胎结肠黏膜产生，某些癌症患者，产生的CEA部份是胚胎型（NCA-2）的。目前已有的CEA测定试剂与NCA无甚交叉反应，但与NCA-2则有不同程度的反应性，这一点以及CEA的不均一性说明了在不同CEA测定试剂间的差异存在的原因。已有CEA的国际标准品，但其一般以质量单位表示。
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