由于毛细管色谱柱柱效很高，对一般的样品备用三种极性的柱子就能解决大部分问题，但对同分异构体要严格选用专用毛细管色谱柱。 
*色谱柱的选择 
按样品极性选择: 
弱极性样品，可选OV-1，SE-30，OV-101，SE-52，SE-54。 
中极性样品，可选OV-17，OV-1701，XE-60，OV-225，OV-210。 
极性样品，可选PEG-20M,FFAP,OV-275,DEGS。 
按酸