由于毛细管色谱柱柱效很高，对一般的样品备用三种极性的柱子就能解决大部分问题，但对同分异构体要严格选用专用毛细管色谱柱。
*色谱柱的选择
   按样品极性选择:
     弱极性样品，可选OV-1，SE-30，OV-101，SE-52，SE-54。
     中极性样品，可选OV-17，OV-1701