由于毛细管色谱柱柱效很高，对一般的样品备用三种极性的柱子就能解决大部分问题，但对同分异构体要严格选用专用毛细管色谱柱。　

　　色谱柱的选择

　　按样品极性选择：

　　弱极性样品，可选OV-1，SE-30，OV-101，SE-52，SE-54。
　　中极性样品，可选OV-17，OV-1701，XE-60，OV-225，OV-210。
　　极性样品，可选PEG-20M，FFAP，OV-275，DEGS。

　　按酸碱性选择：

　　碱性样品：弱碱性可选OV-1，SE-30等；强碱性可选碱性PEGB
　　酸性样品：FFAP

　　按沸点选择：

　　高沸点物质可选OV-1，SE-30，SE-54等交联柱，薄液膜

　毛细管内径的选择

　　成品分析：小口径0.25mm，0.32mm，薄液膜
　　痕量组分分析：大口径，厚液膜，0.53mm

　　汽化温度比样品沸点高20～30℃

　　柱温首选在样品沸点的0.7倍处，再看分离情况调整。

　　检测温度》柱温；》120℃（FID）

　　分流比小口径》100：1；大口径10～50：1或不分流进样（用专用接头）

　　尾吹：15～30ml/分（满足FID要求）；隔膜清扫气：1～5ml/分

　　进样量：0.3～0.5μl

　　定性与定量

　　定性与填充柱色谱一样，或GC/MS
　　定量一般用归一法或内标法定量