超净工作台由三个最基本的部分组成：高效空气过滤器、风机、箱体，仅仅以上三部分就可以构成一个超净工作台。超净工作台可以分为两种：一种是垂直流的超净工作台，即工作区域的空气流动方向是垂直的，另一种是水平流，即空气是水平流过工作区域的。一般多见的是垂直流的超净工作台。

     对超净工作台而言，最主要的是空气循环过滤的过程，这就是一切超净工作台为达到洁净目的采取的基本手段，在这过程中，风机起到心脏的作用：它泵浦箱体内的空气，使他不断地循环，更新；箱体就像是人的身体，它的气密性使外界浑浊的空气无法侵入，并且为空气循环提供了风道；高效空气过滤器捕捉空气中的尘埃，使通过它的空气洁净。需要注意的是超净工作台里不是处处都是洁净的，过滤器和空气循环模式只能保证空气离开过滤器出风口后在部分空间内是纯净的，一般这个空间被称为工作区域。只有在这个区域操作才是安全的。而最脏的不用说就是过滤器本身了。